9月6日，国家防总办公室、应急管理部组织防汛防台风专题视频会商调度，与气象、水利、自然资源等部门联合会商研判台风“摩羯”发展态势及其风雨影响，视频调度广东、海南、广西等重点省份，进一步细化落实防汛防台风各项工作措施。会商强调，台风“摩羯”破坏力大、极端性强，各地要保持高度警惕，全力以赴做好各项防御工作。
6日，国家防总维持针对广东、海南的防汛防台风二级应急响应，将针对广西的防汛防台风应急响应提升至三级。由应急管理部、水利部、交通运输部和自然资源部四部门组成的国家防总联合工作组继续在广东、海南一线协助指导防汛防台风工作，国家防总办公室向广西派出1个工作组。
5日，应广东、海南省请求，国家防总办公室会同国家粮食和物资储备局紧急调拨冲锋舟及船外机、救生衣、照明设备、网箱网兜等中央应急抢险救灾物资，支持开展防汛防台风工作。